Antakya'nın tarihi katmanlarının açığa çıkarılması, sadece arkeolojik kazılarla değil, aynı zamanda derinlemesine yapılan literatür incelemeleri ve sistematik gözlemlerle de desteklenmiştir. Bu çok boyutlu yaklaşım, şehrin geçmişine dair zengin ve karmaşık bir resim sunarak, Antakya’nın kültürel ve tarihi mirasının anlaşılmasına katkı sağlamıştır.

Antakya'nın tarihi katmanlarının keşfedilmesi, arkeolojik kazılar, literatür araştırmaları ve gözlemler aracılığıyla gerçekleştirilmiştir.

• Arkeolojik Kazılar: Roma dönemine ait çok sayıda bazilika, hamam ve villalar, özellikle Harbiye (Daphne) bölgesinde yapılan kazılarda ortaya çıkarılmıştır. 2009 yılında bir otelin temel kazısı sırasında, 1050 metrekarelik dünyanın en büyük tek parça mozaiği bulunmuştur.
• Literatür Araştırmaları: Kentle ilgili yerli ve yabancı literatür detaylı bir şekilde incelenmiştir.
• Gözlemler: Görsel ve sözel kaynaklar toplanarak, zaman sürecinde kente dair yapılan çeşitli araştırma, yazı ve gözlemler değerlendirilmiştir.

Bu yöntemler, kentin farklı dönemlerine ait katmanların kentsel ve mimari ölçekte incelenmesini sağlamış, benzerlikler ve farklılıklar ortaya konmuştur.