Akşehir Gölü, doğal güzellikleri ve biyolojik çeşitliliği ile öne çıkan önemli bir ekosistemdir. Ancak bu değerlerin korunması, bölgedeki insan faaliyetlerinin etkilerini minimize etmekle doğrudan ilişkilidir. Sürdürülebilir yönetim stratejileri ve yerel halkın bilinçlendirilmesi, gölün ekosisteminin geleceği için hayati öneme sahiptir.

Akşehir Gölü ekosisteminin korunması için şu adımlar atılabilir:

• Su kaynaklarının sürdürülebilir yönetimi: Gölün su kaynaklarının sürdürülebilir şekilde yönetilmesi ve tarımsal sulamada su tasarrufu sağlanması.
• Kaçak su kullanımlarının önlenmesi: Kaçak su kullanımlarının engellenmesi.
• Çevre bilincinin artırılması: Bölgede yaşayan halkın çevre bilincinin artırılması.
• Ekosistem rehabilitasyonu: Göl ve çevresindeki ekosistemin rehabilitasyonu için yönetim planlarının uygulanması.
• Katı atık yönetimi: "Akşehir Kanalizasyon" ve "Akşehir Atık Su Arıtma Tesisi" gibi projelerin tamamlanması.

Akşehir Gölü, 1992 yılında SİT alanı ilan edilmiş olup, 1994 yılında Ramsar Sözleşmesi kapsamında koruma çalışmaları yürütülmektedir.