Akyatan Gölü, zengin biyolojik çeşitliliği ve ekosistem dengesi ile dikkat çeken bir doğal alan olarak korunma çabalarıyla ön plana çıkmaktadır. Bu özel ekosistemin sürdürülebilirliği, çeşitli koruma stratejileri ve iş birliği projeleri aracılığıyla sağlanmaya çalışılmaktadır. Yerel topluluklar, gönüllüler ve resmi kuruluşlar, bu ekosistemin yaşatılması için bir arada çalışarak, çevre bilincini artırmayı ve doğal kaynakları korumayı hedeflemektedir.

Akyatan Lagünü ekosisteminin korunması için şu çalışmalar yürütülmektedir:

• Koruma Statüsü: Lagün, Yaban Hayatı Koruma Alanı ve 1. ile 2. Derece Sit Alanı olarak korunmaktadır.
• İzleme ve İşbirliği: Orman ve Su İşleri Bakanlığı ile WWF-Türkiye arasında deniz kaplumbağası izleme çalışmaları için bir işbirliği protokolü bulunmaktadır.
• Koruma Faaliyetleri: Yumurtaların korunması, yavruların denize ulaşmasının sağlanması ve tehditlerin azaltılması için gönüllüler ve çevre müdürlüğü tarafından çalışmalar yapılmaktadır.
• Arazi Kullanımı: Lagün çevresinde entansif tarımdan vazgeçilerek daha doğal ve damla sulamalı tarımsal faaliyetlere izin verilmektedir.
• Su Kalitesi: Lagünün tuzlu su alıp vermesi için doğal dengenin korunması sağlanmaya çalışılmaktadır.

Ancak, tarımsal faaliyetler, iklimsel etkiler ve kirlilik gibi baskılar ekosistemi tehdit etmeye devam etmektedir.