Aral Gölü, tarihsel olarak zengin bir ekosisteme sahipken, insan müdahalesi nedeniyle büyük bir çevresel krizin pençesine düştü. 20. yüzyılın ortalarında tarımsal üretkenliği artırma amacıyla gerçekleştirilen su yönetimi projeleri, gölün beslenme kaynaklarını aşırı derecede kısıtladı. Bu durum, yalnızca gölün fiziksel yapısını değil, aynı zamanda çevresindeki yaşam formlarını da derinden etkiledi.

Aral Gölü çevresindeki ekolojik dengenin bozulmasının başlıca nedenleri şunlardır:

• Aşırı sulama ve yanlış su yönetimi. 1950'lerden itibaren Sovyetler Birliği, Orta Asya'yı pamuk üretim merkezi haline getirmek için Ceyhun (Amu Derya) ve Seyhun (Siri Derya) nehirlerini devasa kanallarla tarım alanlarına yönlendirdi. Bu kanallarda büyük mühendislik hataları vardı ve suyun %30-70'i buharlaşarak veya toprağa sızarak kayboluyordu.
• Baraj projeleri. Türkmenistan'da Karakum Kanalı'nın inşası, Aral Gölü'ne akan su kaynaklarının azalmasına neden oldu.
• Kimyasal kullanımı. Pamuk üretiminde aşırı kimyasal ilaç kullanımı, gölün biyolojik dengesini bozdu.
• Gölün ikiye ayrılması. Amuderya ve Siriderya nehirlerinin azalması sonucu Aral Gölü 1997-1998 yıllarında Kuzey ve Güney olarak ikiye ayrıldı.
• İklim değişikliği. Su kaynaklarının yağmur sularından ve diğer doğal kaynaklardan eskisi kadar beslenememesi, iklim değişikliklerine yol açtı.

Bu süreçler, gölün tabanının tuzlu bir çöle dönüşmesine, balıkçılık sektörünün çökmesine, sağlık sorunlarının artmasına ve göçlere neden oldu.