Ani Harabeleri, tarih boyunca birçok medeniyete ev sahipliği yapmış ve farklı kültürel izler bırakmış bir yerleşim alanıdır. Geçmişi, Erken Demir Çağı'na kadar uzanan bu tarihi bölge, zamanla Ermeni, Selçuklu ve Osmanlı hakimiyetine girmiştir. Ani, sadece mimarisi ve kalıntıları ile değil, aynı zamanda tarihsel olaylarla da dikkat çekmektedir. Zamanla uğradığı çeşitli fetihler ve tahribatlar, onu günümüzdeki hâline getiren önemli etkenlerdir.

Ani Harabeleri'nin tarihi şu şekilde özetlenebilir:

• Erken Demir Çağı. Ani'nin tarihi, M.Ö. 1200-1000 arasına dayanan Erken Demir Çağı'na dayanmaktadır.
• Ermeni Hakimiyeti. M.Ö. 400'lü yıllarda, Orontes Hanedanı döneminde bölge ilk kez Ermeni hakimiyetine girmiştir.
• Pakraduni Hanedanı. 961-1045 yılları arasında, Ani, Pakraduni Hanedanı'ndan Ermeni hükümdarlarının başkenti olmuştur.
• Selçuklu Fethi. 1064 yılında, Sultan Alparslan'ın komutasındaki Selçuklular, Ani'yi fethederek Anadolu'daki ilk fetihlerini gerçekleştirmiştir.
• Şeddadi Beyliği. Selçukluların ardından, Ani, Kürt kökenli Şeddadi Beyliği'nin başkenti olmuştur.
• Timur Tahribatı. 1319'daki depremde ağır hasar gören Ani, daha sonra Timur tarafından ele geçirilerek tahrip edilmiştir.
• Osmanlı ve Ermenistan Dönemi. Ani, 1877-78 Osmanlı-Rus Savaşı'nda Rusların eline geçmiş, Birinci Dünya Savaşı sonrası Osmanlılar tarafından geri alınmıştır. Ancak, Ani platosu daha sonra yeni kurulan Ermenistan Cumhuriyeti'nin eline geçmiş ve 1920'de, Kurtuluş Savaşı sırasında Türkiye Cumhuriyeti sınırlarına dahil olmuştur.