1999 yılında meydana gelen büyük deprem, pek çok alanda olduğu gibi müzecilik alanında da derin izler bıraktı. Kocaeli Müzesi gibi birçok müze, bu felaketin ardından hem fiziksel hem de yapısal açıdan çeşitli zorluklarla karşılaştı. Eserlerin güvenliği ve korunması konusu, müzelerin öncelikli gündem maddeleri haline geldi. Bu süreç, aynı zamanda müzelerin deprem dayanıklılığını artırma ve koleksiyonlarını koruma konusunda yenilikçi çözümler geliştirmeleri için bir fırsat sundu.

1999 depremi, özellikle Kocaeli Müzesi 'nde şu etkilere yol açmıştır:

• Eser Hasarı: Deprem sırasında 17 adet mermer eser kırılmış veya parçalanmış, bazı sütunlar devrilmiştir.
• Restorasyon: Depremden zarar gören tüm eserler restorasyona tabi tutulmuştur.
• Yapısal Önlemler: Deprem sonrası, yapısal olmayan deprem risklerine karşı çeşitli önlemler alınmıştır.

Ayrıca, 17 Ağustos 1999 depremi, Türkiye'deki müzelerde genel olarak koleksiyonların depreme karşı korunması konusunda farkındalık yaratmış ve bu alanda çeşitli projeler, bilimsel araştırmalar ve eğitim çalışmaları başlatılmasına yol açmıştır.