Amnistos Antik Kenti'nin sur duvarları, antik kalıntıların korunması açısından önemli bir yere sahiptir. Ancak, bu tarihi yapılar için özel bir koruma mekanizması bulunmaması, zamanla doğal erozyon ve insan etkileri gibi tehditlerle karşı karşıya kalmalarına neden olmaktadır. Kentin bulunduğu bölge, doğal güzellikleriyle de dikkat çekmekte olup, bu durum bazı projelerin doğaya ve tarihi yapılara zarar verme riski taşımaktadır.

Amnistos Antik Kenti'nin sur duvarları, herhangi bir özel koruma altında bulunmamaktadır. Kentin kalıntıları, Muğla'nın Marmaris ilçesindeki Karacasöğüt yakınlarında yer almakta olup, sur duvarları ve diğer kalıntılar doğal haliyle korunmaktadır. Sur duvarları, 5-6 metre yüksekliğe kadar ulaşmaktadır ve bu duvarlara ait bir kapı yapısı bulunmaktadır. Ayrıca, deniz kenarında limana ait olduğu düşünülen küçük bir taş duvar kalıntısı da mevcuttur. Amnistos Antik Kenti, 1. derece arkeolojik sit alanı statüsünde olmasına rağmen, "Global Marin Sportif Denizcilik Turizm ve Ticaret Anonim Şirketi" tarafından yapılmak istenen "Yat Yanaşma İskelesi ve Turizm Konaklama Tesisi" projesi için "Çevresel Etki Değerlendirmesi (ÇED) gerekli değildir" kararı verilmiştir. Bu durum, kalıntıların korunması açısından bir tehdit oluşturmaktadır.